婴儿智力低下的原因很多，总的来说，可以分为真性智力低下和假性智力低下两种。假性智力低下，虽然智力发育迟缓，但是神经系统没有明显的损害，在消除致病原因后智力会恢复到正常水平。真性智力低下如能早期识别和治疗，智力还有恢复的希望。前者多是和疾病以及环境营养有关，后者多于遗传有关。
1.遗传
遗传因素是导致重度智力低下的主要原因之一，在发达由遗传疾病所致的智力低下占重度智力低下总数的一半以上。
2.感染和难产
出生前原因孕妇妊娠前4个月若感染风疹病毒，流感和其他病毒性疾病，对胎儿和婴儿危害较大，可造成胎儿先天畸形和智力障碍。
3.疾病
先天愚型又称唐氏综合征，是由于染色体异常造成的。呆小病又称先天性甲状腺功能不全。由于甲状腺发育异常不能合成甲状腺素，影响了大脑发育所致。苯丙酮尿症是由于酶的缺陷，摄入的苯丙氨酸代谢受阻，引起脑细胞功能障碍。猫叫综合征是由于体内染色体出了问题。
3.营养
研究表明，孕期营养不良是宫内胎儿生长迟滞的主要原因之一。凡母亲营养不良者，小儿体格发育均明显迟缓，这类小儿常伴有智能低、行为障碍或其他方面的障碍。
4.社会以及家庭心理因素
早期社会隔绝、情感人为剥夺、缺乏母爱、无人照料、文化闭塞、不适当的教导方式等均可影响孩子的智力水平。在社会经济地位高、家庭结构 稳定、母亲受过良好教育的家庭中，儿童的智力水平高于那些相关条件差的孩子。其他因素如大家庭、多子女、出生间隔时间短、双生子和父母离异等，均对儿童的智力发育有直接影响。
5.环境和物理因素
地理环境孕妇缺碘是影响胎儿正常发育的重要因素之一。
放射线无论是X线或其它放射线，均可使胚胎发育停止继而发生畸形。胚胎受放射线影响的程度取决于放射线种类和剂量、受照射时的发育阶段、胚胎对放射线的敏感性。
噪音噪音中对胎儿的影响主要表现在对胎儿发育、胎儿反应以及致畸作用等方面。重金属如铅含量过高，易发生不孕、自然流产、生产低体重儿，其婴儿则有发育迟缓、智力低下等表现。
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